肿瘤相关基因经典研究方案
2019.05.09
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       从大数据中挖掘出与肿瘤相关的基因,主要包括mRNA,miRNA, lncRNA等,按照临床相关性分析、细胞株构建、细胞功能实验、裸鼠成瘤模型、高通量测序的经典套路进行研究。首先发现A基因与C疾病临床相关,证明A基因影响细胞的D功能,进一步揭示A基因通过B通路影响细胞的D功能。验证靶标分子与临床病理的相关性,同时深入研究其作用的分子机制,能够深入开展与肿瘤发生、进展分子基础相关的研究,获得富有价值的科研成果。


研究流程

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1.发现A基因与B疾病临床相关

      从TCGA、Taylor等基因芯片数据库中下载数据,进行生物信息学分析,挖掘肿瘤相关基因A,并通过临床组织芯片实验验证。

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2.细胞株构建

      构建过表达、抑制or 敲除细胞株。

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3.细胞实验

      主要包括CCK8、Transwell、woundhealing、流式细胞凋亡凋亡、流式细胞周期等。

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4.体内实验

      裸鼠皮下接种细胞株形成裸鼠皮下移植瘤模型,分析基因A在体内对某肿瘤的成瘤、生长的影响;并通过免疫组织化学的方法分析基因A对肿瘤增殖、转移、凋亡等方面的影响。

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5.高通量组学

     GO分析、KEGG分析、Heatmap热图、基因-基因相互作用网路、靶基因预测等

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6.调控机制证明

      常见的调控机制:miRNA调控靶基因:3’UTR;转录因子调控靶基因:CHIP-PCR;LncRNA调控蛋白;蛋白与蛋白相互作用。

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参考文章

Cai C, Chen QB, Han ZD, et al. miR-195 Inhibits Tumor Progression by Targeting RPS6KB1 in Human Prostate Cancer. Clin Cancer Res 21(21):4922-4934, 2015.


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