表观转录组调控之meRIP(m6A甲基化修饰)
2020.07.03
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RNA修饰过去的研究基础是认为RNA在核酸结构上的化学微调,随着科学技术发展以及相关产品化抗体出现,对RNA修饰的研究不只是停留在结构微调,当前发现RNA修饰在转录组水平广泛存在,并且是可逆的动态调控状态,参与生物进程钟的多方面,包括:细胞分化、性别决定、肿瘤的发生和转移、DNA的损伤修复等生物学功能,今天带给大家的是RNA甲基化修饰研究内容。RNA甲基化发生在RNA分子上不同位置的甲基化修饰现象,常见的RNA转录后修饰方式有6-甲基腺嘌呤(N6-methyladenosine,m6A)和5-甲基胞嘧啶(5-methylcytidine,m5C)。


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1、技术简介

甲基化RNA免疫共沉淀基于抗体(m6A)特异性结合甲基化修饰的碱基,以磁珠包被的抗体结合修饰RNA,通过免疫结合吸附,纯化产物富集甲基化修饰片段,后续通过高通量测序,在全转录组范围内研究发生甲基化的RNA区域,可以是lncRNA、mRNA、circRNA等。


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2、技术流程

➀ 细胞样品m6A RNA表达量测定(dot-blot方法)

➁ 细胞裂解,获取总RNA样本

➂ M6a抗体IP沉淀结合与磁珠共价形成复合物

➃ 洗脱纯化获取甲基化修饰的RNA产物

➄ 高通量测序

➅ 生物信息学分析


3、技术应用

➀  mRNA修饰

➁ 转录水平的调控

➂ 转录和翻译过程的联系


4、应用案例

m6A mRNA methylation regulates CTNNB1 to promote the proliferation of hepatoblastoma

作者选取肝母细胞癌未模型,在细胞水平研究上调m6A甲基化修饰和m6A因子,对肝癌HB细胞的生长、增殖、凋亡的影响,探究得出METTL3作为预后因子在HB细胞中起关键调节作用,继而在动物水平,建立NC组和shRNA敲低组,观察肿瘤形成的大小,阐明METTLL3在肿瘤的发生发展中起重要调节作用,表型阐述后进一步在表观遗传水平,研究分子机制,通过m6a-Seq和生信分析寻找METTL-3的靶标结合CTNNB1。


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客户提供:

❶ 仅限人、大鼠、小鼠物种的样本,细胞核组织均可;

❷ 细胞,数量1-3x107个;

❸ 组织,所需10-30mg。

辉园苑提供:

❶ 用于m6a甲基化RIP实验的抗体;

❷ Dot-blot检测本底甲基化修饰RNA水平;

❸ MeRIP免疫共沉淀实验;

❹ 高通量测序及生物信息学个性化分析;

❺ 完整实验报告及原始数据结果。


推荐阅读:RNA甲基化修饰(m6A)研究技术及方案设计文献

1.RNA demethylase ALKBH5 preventspancreatic cancer progression byposttranscriptional activation of PER1 in an m6A-YTHDF2-dependent manner;

2.m6A-dependent glycolysis enhances colorectal cancer progression;

3.METTL14-mediated N6-methyladenosine modification of SOX4 mRNA inhibits tumor metastasis in colorectal cancer;

4.m6A mRNA methylation initiated by METTL3 directly promotes YAP translation and increases YAP activity by regulating the MALAT1-miR-1914-3p-YAP axis to induce NSCLC drug resistance and

Metastasis。


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